Tổ chức, bộ máy của Chi cục được quy định tại Quyết định số 1556/QĐ-UBND ngày 23/08/2021 của UBND tỉnh Bắc Kạn về tổ chức lại tổ chức hành chính và đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Nông nghiệp và PTNT tỉnh Bắc Kạn; theo đó cơ cấu tổ chức bộ máy của Chi cục, gồm:
         * Lãnh đạo Chi cục
Chi cục Trồng trọt, Bảo vệ thực vật và Quản lý chất lượng có Chi cục trưởng và 02 Phó Chi cục trưởng.
         * Phòng chuyên môn nghiệp vụ có 02 phòng:
+ Phòng Quản lý Trồng trọt & Bảo vệ thực vật
+ Phòng Quản lý chất lượng, Chế biến và Thương mại nông sản
            Về biên chế
         Biên chế giao tổng 20 biên chế, trong đó:
    + Công chức: 13 biên chế
    + Viên chức: 05 biên chế
    + Hợp đồng lao động 68: 02 biên chế

                                                                                                                                                                                             QTV: Mạnh An.